1.จุลินทรีย์ (Micro Organism) เป็นสิ่งมีชีวิตที่พบได้ทั่วไป ทั้งในแหล่งน้ำธรรมชาติิแหล่งน้ำใต้ดิน ตลอดจนน้ำทิ้งจากอาคารบ้านเรือนแหล่งชุมชนและโรงงาน
อุตสาหกรรม ได้แก่ ไวรัส โปรโตซัว แบคทีเรีย เป็นสาเหตุของโรคไข้รากสาด โรคบิด อหิวตกโรค ไข้ไทฟอยด์ ในการตรวจสอบคุณภาพน้ำทางด้านจุลชีววิทยาเพื่อนำน้ำ
ไปใช้ในกิจกรรมต่าง ๆ ตลอดจนตรวจสอบก่อนทิ้งเพื่อหาปริมาณของสิ่งสกปรก
ของน้ำที่เกิดจากของเสียที่มนุษย์และสัตว์ นิยมใช้แบคทีเรียชี้แนะมลภาวะมลพิษ (Indicater of pollution) ที่สำคัญที่สุดคือ Coliform group ได้แก่ Escherichia coilพบจำนวนมากในสิ่งแวดล้อมและพบได้ในอุจจาระสัตว์เลือดอุ่น
2. สารอินทรีย์ (Organic substance) รวมความถึงสารอินทรีย์สังเคราะห์ ซึ่งได้แก่ ยาฆ่าแมลง สารเคมีที่ใช้ตามโรงงานต่าง ๆ ผงซักฟอกและสารอินทรีย์อื่น ๆ ที่เป็นภัยต่อคน สัตว์ และพืช เช่น ฟีนอล สารอินทรีย์พวกโปรตีน คาร์โบไฮเดรต ยูเรีย เป็นต้น สารอินทรีย์เหล่านี้มีทั้งพวกที่สามารถสลายได้ด้วยการกระทำของจุลินทรีย์ และที่ไม่สามารถย่อยสลายได้โดยจุลินทรีย์ พวกที่ย่อยสลายได้การย่อยสลาย
ต้องอาศัยแบคทีเรียในน้ำที่ใช้ออกซิเจนซึ่งละลายในน้ำ เมื่ออกซิเจนในแหล่งน้ำ
หมดไปจะทำให้แบคทีเรียที่ไม่ใช้ออกซิเจนเจริญเติบโต และเพิ่มจำนวนอย่างรวดเร็ว จนทำให้เกิดน้ำเน่า มีกลิ่นเหม็น สารอินทรีย์พวกนี้ได้จากโรงงานน้ำตาล โรงงาน
กระดาษ สุรา เบียร์ น้ำทิ้งชุมชน ฯลฯ ปรอทในแหล่งน้ำมี 5 รูปแบบ ได้แก่
Hg2+ (divalent mercury) , HgO (metallic mercury ) , CH3Hg+ (methyl mercury) , C6H6Hg (phenyl Mercury) และ CH3O - CH2 - CH2 - Hg+ (allkoxyakyl Mercury)
เมื่อปรอทเข้าสู่แหล่งน้ำ ปรอทจะเกาะติดกับอินทรีย์วัตถุที่แขวนลอยในน้ำ ในรูป
ของปรอทไอออน และตกตะกอนลงสู่พื้นแหล่งน้ำ ปรอทในรูป divalent ในโคลนตม จะถูกเปลี่ยนเป็นปรอทอินทรีย์ ในรูปของ methyl mercury โดย Methanoganic bacteria มากขึ้นได้ ปรอทที่อยู่ในรูปของสารปะกอบอนินทรีย์ที่ละลายน้ำได้ในน้ำ
เช่น HgCI2, Hg2 CI2 จากโรงงานผลิตพลาสติกพีวีซีเมื่อลงสู่แหล่งน้ำจะมีโอกาส
เข้าสู่ระบบของห่วงโซ่อาหารเป็นอันตรายต่อมนุษย์ได้ อย่างไรก็ตาม ปรอทที่อยู่ใน
รูปของสารประกอบอินทรีย์ ในรูปของ methyl หรือ ethyl จะมีความเป็นพิษมากกว่า
อยู่ในรูปของสารประกอบอนินทรีย์ สำหรับปรอทอินทรีย์จะไม่มีในธรรมชาติ แต่เกิดจากการกระทำของจุลินทรีย์ เปลี่ยนปรอท อนินทรีย์เป็นปรอทอินทรีย์ได้ เช่น HgCI2จะถูกเปลี่ยนเป็น CH3HgCH3 โดยจุลินทรีย์เข้าห่วงโซ่อาหารและไปสะสม
ในปลา เนื้อ หรือสัตว์น้ำ เมื่อมนุษย์บริโภคปลาที่มีสารประกอบดังกล่าวปนเปื้อน จะทำให้มีโอกาสเกิดโรคมีนามาตะหรือโรคแพ้พิษปรอทได้
3. สารอนินสรีย์ (Inorganic substances) รวมทั้งแร่ธาตุต่าง ๆ ตัวอย่าง เช่น เกลือของโลหะ ต่าง ๆ กรด เบสและแร่ธาตุต่าง ๆ ที่พบได้ทั่วไปในแหล่งน้ำธรรมชาติ ได้แก่ เกลือคลอไรด์ซัลเฟตและไบคาร์เนตของโลหะ แคลเซียม โซเดียม โปแตสเซียม และแมกนีเซียม หากมีปริมาณมากเกินไปก็ก่อให้เกิดมลพิษทางน้ำได้ แต่บางครั้งแม้
ไม่เป็นอันตรายต่อการดำรงชีพของมนุษย์และสัตว์ แต่อาจไม่เหมาะที่จะใช้ในขบวน
การอุตสากรรมเพราะอาจเกิดตะกอนในหม้อน้ำได้ สารอนินทรีย์ต่าง ๆ อาจจะมา
จากน้ำทิ้งจากโรงกลั่นน้ำมัน โรงงานผลิตปิโตรเคมีคัล การทำเหมืองแร่ แต่งแร่ และ
น้ำทิ้งจากแหล่งเกษตรกรรม อาจจะมียากำจัดวัชพืชพวกสารหนู ไซยาไนด์ ซึ่งอาจ
มีปรอท ตะกั่ว เป็นองค์ประกอบ สารประกอบดังกล่าวอาจมาจากโรงงาน
อุตสาหกรรมบางประเภทได้เช่นกัน
4. สารประกอบไนโตรเจนและฟอสฟอรัส (Nitrogen and phosphorus compounds)
สารประกอบพวกนี้เป็นอาหารหลักของพืช ซึ่งพบมีอยู่ปริมาณเล็กน้อยในน้ำธรรมชาติ สารเหล่านี้อาจปะปนอยู่ในน้ำทิ้ง น้ำเสียที่ออกมาจากโรงงานอุตสาหกรรม หรือการ
ชะล้างจากกิจกรรมทางเกษตร สารประกอบของไนโตรเจนและฟอสฟอรัส เป็นปุ๋ยของ
พืชน้ำทุกชนิด โดยเฉพาะพวก อัลจี (Algea) เมื่อสารประกอบดังกล่าว ทำให้เกิด
สภาวะ การการเจริญของอัลจีมากเกินไป Algea bloom หรือ Eutrophicationalgea ทำให้ปริมาณออกซิเจนในน้ำลดลง จนที่สุดอาจเกิดการเน่าเสียของแหล่งน้ำได้